サイクロップスとジーン・グレイのクローン
ケーブル（本名：ネイサン・クリストファー・チャールズ・サマーズorネイサン・ディスプリング・アスカニサン） (Cable)
サイクロップスとジーン・グレイのクローンであるマデリーンとの息子（サイクロップスはマデリーンがジーンのクローンであることを知らなかった）。アポカリプスに肉体を機械化するテクノ・ウイルスに侵されており、母親譲りの大変強力なサイキック能力でその進行を食い止めている。それを会得するために時間旅行者に預けられて育ったため、両親よりも年上となって現れた。銃器、武器の達人で、パワーのほとんどはテクノウイルスを抑えるために使っているため、戦闘は主に火器を使用する。サイクロップスの影響か、左目が光るときがある。ここから父親とは違い自己制御可能なオプティックブラストを発射することも可能。しかし、ここぞというときにウィルス侵食の危険を顧みずパワーを発揮するときが稀にあり、「リージョンクエスト」ではタイムトラベルによって記憶喪失になっていた4人（ストーム、アイスマン、ビショップ、サイロック）の記憶を戻したり、彼のクローンであり「完全体ケーブル」ともいえるストライフと互角に戦ったりする史上最強のミュータントの一人でもある（ストライフの強さが、本気を出したケーブルの凄まじさを物語っている）。「ネイサン・ディスプリング・アスカニ・サン」と名乗っていたこともあるが、「ディスプリング」は未来世界での育ての両親、スリムとレッドの偽名。正体は、ケーブルを育てるため精神のみ未来へ送られたサイクロップスとジーン。二人との別れ際の「過去と未来を繋ぐ“ケーブル”となれ」との願いが、コードネームの原点となる。アスカニは、サイクロップスたちがネイサンを未来に託した、別世界での二人の娘の名。エイジ・オブ・アポカリプスで異次元の地球からやってきた若きミュータントであるネイト・グレイとは遺伝子上の同一人物なので、テレパシーでつながっている。一度、アポカリプスと共闘した際、ウイルス除去を持ちかけられるが、断っている。日本ではテレビアニメとゲームの出演で有名である（映画には未登場）。
サイロック（本名：エリザベス（ベッツィ）・ブラドック）(Psylocke)
ジーンと同じくテレパシー能力を持つ。元は英国人だが、ある事件でマツオ・ツラヤバの愛人である女忍者カンノンと精神融合してしまい、その後マツオによって分離された後に忍術を仕込まれる。そのため東洋人の外見を持ち忍術を使う。分離した本来の肉体の持ち主であるルバンシェ（彼女もサイロックとカンノンの融合体）がレガシーウィルスで死んだために、サイロックはカンノンの肉体で生きることになる。サイキック・ナイフと呼ばれる特異な精神衝撃を用いた攻撃が得意。兄は英国で活躍するスーパーヒーローで「エクスカリバー」のメンバーのキャプテン・ブリテン(Captain Britain) 。カンノンの奔放な精神面が発露し、一時期、サイクロップスを誘惑したことがある。湖畔でジーンと会話中のサイクロップスが、湖で泳ぐ彼女の水着姿に見とれてジーンの言葉に生返事を返して怒られるというシーンがある。のちにアークエンジェルと恋仲に。しかしサンダーバードⅢに気持ちが揺れてウォーレンにふられる。デスティニーの書を集める為にX-メン本隊を離脱して、ストームらの別行動隊に参加するもすぐに戦死してしまう。後に復活し、現在は異次元探索チーム「EXILES」に参加している。日本ではゲームの出演で有名（映画では三作目で、敵役としてやや登場）。
マロウ（本名：サラ） (Marrow)
都市の大下水道網で生活するはぐれミュータントの一族・モーロックスの出身。全身の骨が増殖を続けており、体表に突出している。それをはがして槍や斧のように扱ったり、投げナイフのように飛ばしたりもする。非常に好戦的な性格で、和解の会談の際に大暴れし、多数の死傷者を出す事件を引起したほど。現在はミュータント能力を失っている。映画にはほぼ同様の能力を持つ男性（名前は不明）がおり、おそらく能力を参考したものと思われる。日本ではゲームの出演で有名である（テレビアニメには未登場）。心臓が2つあり、左側をモーロック時代にストームに突かれたが右側の心臓があったため生きていた。
カリスト（本名：不詳） (Callisto)
モーロックスのリーダーをしていた女性ミュータント。人間の数倍優れた五感を持っており、右目を眼帯で覆い褐色の肌をしている。ある事件がきっかけで、両腕が蛸のような6本の緑の触手に改造されてしまった。かつて、ストームとの決闘で負け、リーダーの座を彼女に譲った。映画では、三作目にマグニートーの手下のヴィランとして登場し、やはりストームと戦っている。映画版は、眼帯は着けず頬に刺青を入れている。
代表的ヴィラン
マグニートー（本名：エリック・マグナス・レーンシャー） (Magneto)
磁界王の異名を持つ最強のミュータントの一人。磁力を操り、あらゆる金属を意のままにする。核爆発に耐えうる電磁バリアを張ったり、地球の地磁気に影響を与えて地殻変動や地球の裏側の火山の噴火まで起こす。また、血中のヘモグロビンの鉄分を制御して他人の動きを操る。このように磁力の範囲は広範囲かつ尋常ではない強力さをもつ。ユダヤ人であり、第二次世界大戦時のホロコーストの生き残り。その時の非人道的な体験によって、冷酷な人格を持つようになる。人類はより優秀な生物であるミュータントに支配されるべきであるとの思想を持ち、かつての親友、プロフェッサーXと対立する。一時期、プロフェッサーXと和解してX-メンを指揮していたこともある。衛星軌道上にアステロイドMと名づけた秘密基地を保有している。X-メン時代は、のちのXフォースのメンバーで構成される若手グループ「ニューミュータンツ」の指揮もしており、彼らにとっては教師のような存在。ゆえに、Xフォースリーダーのケーブルには特別な敵意を持っている。コミックでは何度も若返っているため、実年齢と肉体年齢がかなり違う。クロスオーバーイベントであるハウス・オブ・Mの後、ミュータント能力を失っている。X-メンのシリーズ化にともないカリスマ性を帯びたキャラになったが、初期はよくいるただの超能力を私利私欲に使う小悪人であり、ファンタスティック・フォーなどに対してせこい作戦を弄して戦ったことがある。
チャールズ・エグゼビアが若い時にイスラエルで精神科医をしており、同じ病院の看護師をしていた。その縁からか、イスラエルの酒場のカウンターで一緒に酒を飲んでいたとき、チャールズ・エグゼビアの人生初の喧嘩を一緒にやることになる（ガラの悪い水夫達が足のない笛吹きを馬鹿にしたり酒をかけたりしてるのをチャールズが止め、喧嘩になる。その際にチャールズと一緒に14人の水夫と喧嘩になる）。カウンターで2人で酒を飲んでいたこのとき、「もしホモ・スペリオールなる人間が居たとしたら…」という話題で意見は割れるが、二人で「ホモ･スペリオールなる人間が居たとしてもまっとうに暮らせる世界」にしようと落ち着く。当時は非常に仲の良い友人で、マグニートは「あんたの話を聞いてるとなんでもできそうな気分になる」というようなことを語っている（酒場での話は「リージョンクエスト」にてプロフェッサーXがケーブルに語ってる回想シーン）。そして、リージョン（プロフェッサーXの息子）が現代からタイムトラベルしてマグニートを殺そうとするが、彼をかばったチャールズが誤って死んでしまう。これ時間軸が分岐することとなり、大きく変わったその歴史を「エイジ・オブ・アポカリプス(Age of APOCALYPSE/AoA）」と呼ぶ。チャールズの死によって、ミュータントによる適者生存を標榜するアポカリプスの侵攻が2000年早くなってしまった。AoA世界では、自分の身代わりになって死んだチャールズ・エグゼビアの遺志を継いで、アポカリプスに対抗するミュータントチームを創設。これにエグゼビアの名をとって、X-MENと名付け、自らも愛する者達や全ての命のために戦う。
セイバートゥース（本名：ビクター・クリード） (Sabretooth)
ウルヴァリンと同じ超人兵士開発プロジェクトから生まれたミュータント。アダマンチウムで覆われた牙と怪力、超回復能力を武器とする。ウルヴァリンの過去（少なくともその一部）を知る人物。一時期はウルヴァリンの父親であるという偽の記憶を植えつけられていた。政治家「グレイドン・クリード (Graydon Creed) 」は、ミスティークとの間に生まれた実の息子（既に死亡している）。現在はX-メンに加入。映画には設定を変えて登場。
かつてテレパス能力をもち重火器の扱いに長けたミュータント・バーディーとコンビを組んで闘争本能の暴走を防いでいたが、グレイドンに殺害されている。日本ではゲームのセイバートゥースのサポートキャラ（一部の必殺技を出すと登場する）としての出演で有名。
ミスティーク（本名：レイブン・ダークホルム） (Mystique)
真紅の髪に青い肌を持つ女性テロリスト。全身の皮膚の形と色を自在に操り、服装こみでどんな人物にでも変装できる。現在はX-メンに加入。コミックではローグの養母にしてナイトクローラーとグレイドン・クリードの実母だが、映画ではこの設定は無い（なお、ナイトクローラーが兄である）。
トード（本名：モーティマー・トインビー（X-メンエボリューションではトッド・トランスキー）） (Toad)
短躯と醜貌に強いコンプレックスを持つ。トード（ヒキガエル）という通り名の通り、伸縮自在の強靭な舌と驚異的なジャンプ力、口から吐き出す粘着性の液が武器。
パイロ（本名：ジョン・アラダイス） (Pyro)
炎を自在に操る。但し発火能力は持っていないため、ライターや火炎放射器を持ち歩く。コミックではミュータントにのみ感染する致死性のウィルス、レガシー・ウィルスによって死亡した。映画版では元は『恵まれし子らの学園』の生徒でローグやアイスマンの同級生だったが、パート2ラストでミュータントを差別する人間（フラットスキャン）を見限りマグニートーの元に走る。
ジャガーノート（本名：ケイン・マルコ） (Juggernaut)
プロフェッサーXの義兄（彼の実父とプロフェッサーXの実母が再婚）。自分の実の父がチャールズばかりを可愛がる事を妬んで子供の頃から不仲であった。一度軍人になるも脱走し、その後、異教の魔神の力を秘めた赤い宝石「サイトラックの魔石」を偶然手に入れる。その魔力でハルク (Hulk) に比肩するほどの恐るべき突進力と破壊力、頑強な肉体を手に入れて現在の姿になった（あくまで石の魔力で超人になっているのであって、ミュータントではない）。あまり理性的、知性的な人物とは言いがたい。相棒のミュータント、ブラックトム (Black Tom Cassidy) が第二の突然変異を引き起こし、暴走した彼に殺されかけX-メンに助けを求めたのを機にプロフェッサーXと和解した。ダズラーという女性シンガー（元X-MEN所属のミュータント。当初は、ケインはそのことを知らなかった）の大ファンという一面を持つ。現在は、キャプテン・ブリテンがリーダーを務める「ニュー・エクスカリバー」に所属している。因みに、ダズラーも同チームのメンバーとなっている。なお映画ではこの設定は登場せず、同能力を持ったミュータントとして扱われている。
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レディ・デスストライク（本名：ユリコ・オーヤマ） (Lady Deathstrike)
日本人。アダマンチウムの人体移植技術を開発したオーヤマ博士の娘。ウルヴァリンを自分の父の仇と信じ、スパイラルに自分もアダマンチウムの爪を持つサイボーグにしてもらい、ウルヴァリンを殺そうとする。ウルヴァリンとは異なり、腕の甲からではなく、指の爪が、アダマンチウムの爪に変化する。
映画には彼女、あるいは彼女のモデルとなるキャラ「ユリコ」が出てくる。ウルヴァリンと同じヒーリングファクターを持つなどやや異なる点がある。しかし、アダマンチウムを操れる人間の一人であるストライカー大佐に洗脳された彼の秘書、という点で非常に近い。最終的には、死闘の末、ウルヴァリンに溶解されているアダマンチウムを全身に流し込まれ、死亡した。
シルバー・サムライ（本名：ケンイチロウ・ハラダ） (Silver Samurai)
日本最大のヤクザ、ヤシダ家の総帥。銀色の甲冑に身をかため、エネルギー波を物質に発生させ、愛刀をタキオンブレードとしてあらゆるものを切断する能力を持つ。毒殺されたウルヴァリンの妻、マリコ・ヤシダの従兄。元X-メンメンバーでもある日本人ミュータント、サンファイアの親戚でもある。日本ではゲームの出演で有名である（映画には未登場）。本名は正しくは「Kenuichio Harada」だが、これはケンイチロウの誤植である。
スパイラル（本名：リタ） (Spiral)
番組視聴率が全てを支配する異次元世界（モジョ・バース）の支配者・モジョに作られた人工生命体。6本の腕を持ち、複数の刀剣類を同時に操る。日本ではテレビアニメとゲームの出演で有名（映画には未登場）。